Pepe Rey, ingeniero liberal, culto y librepensador llega a Orbajosa donde su padre y su tía han ideado su casamiento con su prima Rosario.
Al verse por primera vez, los dos jóvenes se enamoran.
En cuanto llega a casa de su tía Doña Perfecta, el pobre Pepe se enfrenta con toda Orbajosa, ciudad horrenda, pobre, sucia, en la cual la mojigatería y la superstición sustituyen a la religión, así como el tradicionalismo castizo más reaccionario a la ética.
El cura don Inocencio, aprovechón y cobarde, hace todo para desanimar a Pepe. Quiere que su sobrino, el pedante y pobre Jacinto, se case con la rica Rosario.
Doña Perfecta teje su tela de araña manipulando a sus conciudadanos con la ayuda del cura.
Tras una riña de antología en la cual Pepe le dice sus cuatro verdades a su tía, el sobrino se marcha de la casa familiar prometiéndo casarse con Rosario.
Orbajosa, ciudad episcopal, poblachón de población mediana, cabeza de la comarca en la que está, se convierte en un personaje más de la novela. Esta imaginaria urbe, puede ser ubicada en cualquier lugar de aquella España del segundo tercio de XIX, que vivía a golpe de levantamiento, de asonada en asonada, pretendiendo defender unas tradiciones que veía amenazadas por cualquier cosa que viniera de fuera.
Galdós ridiculiza la mojigatería de aquella sociedad, su hipocresía, su doble moral, personificada en quienes deben ser (y son) faro y guía, el Penitenciario de la Catedral, D. Inocencio, el tipo que tira la piedra y esconde la mano; Doña Perfecta, la persona más pudiente del lugar, que gasta su dinero en obras pías, pero que lejos de ser una persona ejemplar, es un lobo con piel de cordero, dispuesta a lo que sea para que todo siga tal cual está, chantajeando de forma sibilina a sus deudos y asalariados para que se enfrenten a lo que ella considera el mal.
Orbajosa no es sino el reflejo de la España mostrenca del momento en que fue publicada la novela (1.876), enfrentada a la modernidad, con un tremendo pulso a vida o muerte entre progreso y tradición.
Al contrario de lo que algunos críticos piensan, que Galdós apuesta definitivamente por la modernidad, yo creo, sin negar este extremo, que el autor culpabiliza a ambos bandos de su intransigencia, de pretender llevar al otro a su terreno por la fuerza desterrando toda posibilidad de diálogo.
El mismo Galdós indica que la solución no es fácil, debido al encono en la defensa de sus posturas por parte de cada bando, pero lo que también deja claro es que el camino de la fuerza sólo deja paso a una espiral de violencia y venganzas que ahonda cada vez más el abismo que separa ambas concepciones de cuál debe ser el camino a seguir por el conjunto de la nación.